扁平疣主要是由人乳头瘤病毒(HPV)感染引起的，常见为HPV3型和HPV5型。该病毒可通过直接或间接接触传染，外伤或皮肤破损也是感染的重要因素。此外，机体免疫力与扁平疣的发生和病程也密切相关。
感染途径
直接接触：与感染者的皮肤直接接触，可能会感染人乳头瘤病毒，从而引发扁平疣。
间接接触：使用被病毒污染的物品，如衣物、搓澡巾、毛巾、针、刷子等，也可能导致感染。
其他因素
外伤或皮肤破损：皮肤出现创面时，病菌更容易入侵，增加了感染的风险。
免疫力低下：当人体免疫力降低时，如感冒、发热、精神创伤、过度劳累、月经期、内分泌失调，或处于免疫缺陷状态(如肾移植、恶性淋巴瘤、慢性淋巴细胞白血病、红斑狼疮等病人)，抗病毒能力减弱，更容易感染人乳头瘤病毒并发病。
扁平疣病程与机体免疫有关，相对健康的人群感染后也有自行消退的可能。其病程慢性，有时会突然自行消失，也可能持续多年不愈，预后一般不留瘢痕。
